一种在核苷酸水平检测自然选择的新方法

KIZ OpenIR > 基因起源组

	一种在核苷酸水平检测自然选择的新方法
其他题名	A New Method for Detecting Natural Selection at the Level of Nucleotide Sites
	李昕 1,2; 陈宏 1,3; 王文*2; wwang@mail.kiz.ac.cn
	2005
发表期刊	动物学研究
卷号	26 期号:3 页码:225 - 229
合作性质	其它
摘要	非编码区序列在基因表达调控中起着重要作用,但其在进化过程中是否受到选择作用一直较难检测.最近有一些研究使用平均的核苷酸替换速率与中性序列的核苷酸替换速率的比值(ω)作为检测非编码区总体受选择作用的指标;但是对于非编码区而言,了解具体哪些核苷酸受到选择作用更具有意义.我们借鉴Nielsen ＆ Yang (1998)检测单个氨基酸位点是否受选择作用的思路,在最大似然法的模型下,提出一种在核苷酸位点水平上对自然选择作用检测的方法.本方法能够检测在进化过程中对功能分化有重要贡献的核苷酸位点,包括编码和非编码区.将此方法应用于熟知的受到正选择作用的蛋白编码基因序列(HIV-1包装蛋白基因编码区),均能够检测到那些已知的受到正选择的核苷酸(密码子)位点,说明此方法可以有效地在核苷酸位点水平检测选择作用;又将此方法应用于非编码区(CTGF基因5′UTR),也得到了良好的结果.
其他摘要	Although noncoding regions play an important role in gene expression and regulation,it is difficult to detect natural selection at this level. Recently,some studies use the ratio (ω) between the nucleotide substitution rate in the detected regions and the nucleotide substitution rate in neutral regions as an indicator to detect natural selection in noncoding regions. However,to the noncoding regions,its more informative to identify those nucleotide sites under positive selection. We developed a new maximum likelihood method to detect natural selection at the nucleotide site level and to identify those nucleotide sites that may contribute to functional divergence. This method can be applied to both coding regions and noncoding regions. Appling this method to previous reported genes that subjected to positive selection shows that this method is efficient to detect natural selection on nucleotide sites both in coding regions and noncoding regions.
关键词	自然选择最大似然法非编码区
资助者	中德马普青年科学家小组经费资助项目;中国科学院生物局重要方向性项目(KSCX2-SW-121);国家杰出青年科学基金资助项目(30325016) ; 中德马普青年科学家小组经费资助项目;中国科学院生物局重要方向性项目(KSCX2-SW-121);国家杰出青年科学基金资助项目(30325016) ; 中德马普青年科学家小组经费资助项目;中国科学院生物局重要方向性项目(KSCX2-SW-121);国家杰出青年科学基金资助项目(30325016) ; 中德马普青年科学家小组经费资助项目;中国科学院生物局重要方向性项目(KSCX2-SW-121);国家杰出青年科学基金资助项目(30325016)
收录类别	其他
语种	中文
资助者	中德马普青年科学家小组经费资助项目;中国科学院生物局重要方向性项目(KSCX2-SW-121);国家杰出青年科学基金资助项目(30325016) ; 中德马普青年科学家小组经费资助项目;中国科学院生物局重要方向性项目(KSCX2-SW-121);国家杰出青年科学基金资助项目(30325016) ; 中德马普青年科学家小组经费资助项目;中国科学院生物局重要方向性项目(KSCX2-SW-121);国家杰出青年科学基金资助项目(30325016) ; 中德马普青年科学家小组经费资助项目;中国科学院生物局重要方向性项目(KSCX2-SW-121);国家杰出青年科学基金资助项目(30325016)
文献类型	期刊论文
条目标识符	http://ir.kiz.ac.cn/handle/152453/1191
专题	基因起源组细胞与分子进化重点实验室
通讯作者	wwang@mail.kiz.ac.cn
作者单位	1.西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨陵712100 2.中国科学院昆明动物研究所细胞与分子进化重点实验室,中德马普青年科学家小组,云南昆明650223 3.徐州师范大学生物技术研究所,江苏徐州221116
推荐引用方式 GB/T 7714	李昕,陈宏,王文*,等. 一种在核苷酸水平检测自然选择的新方法[J]. 动物学研究,2005,26(3):225 - 229.
APA	李昕,陈宏,王文*,&wwang@mail.kiz.ac.cn.(2005).一种在核苷酸水平检测自然选择的新方法.动物学研究,26(3),225 - 229.
MLA	李昕,et al."一种在核苷酸水平检测自然选择的新方法".动物学研究 26.3(2005):225 - 229.

条目包含的文件
文件名称/大小	文献类型	版本类型	开放类型	使用许可
2005263225.pdf（165KB）	期刊论文	出版稿	开放获取	CC BY-NC-SA	请求全文