| 鼩鼱科三物种转录组初步分析 |
| 周婧晶; 丘银彬; 万韬; 何水旺; 蒋学龙; 潘星华; 何锴
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| 2021
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| 发表期刊 | 兽类学报
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| ISSN | 1000-1050
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| 卷号 | 41期号:2页码:173-181 |
| 摘要 | 中国是鼩鼱科物种十分丰富的国家,已知有12属61个物种在中国分布,并演化出多种生态适应型。本研究采用高通量测序技术对小纹背鼩鼱、云南长尾鼩鼱和蹼足鼩3个物种的心和肺组织样本进行转录组测序。其中小纹背鼩鼱和云南长尾鼩营地表生活,蹼足鼩适应半水生生活。3个物种的转录组测序一共获得20.5 Gb的Clean Data,拼接后分别获得131 045条、153 621条和135 838条Unigenes,BUSCO分析显示其中完整的保守基因最高为82.2%,共有同源基因家族超过8 000个。此外,我们发现通过优化分析方案,可以将单拷贝基因的比例提高18% ~ 25%,同时将多拷贝基因比例从28.4% ~ 31.8%降为0.7% ~ 1.1%。同物种不同组织间的基因差异表达分析找到各组织的标志性基因。转录组差异表达分析发现,蹼足鼩心脏和肺均高表达HIF1A基因,该基因是缺氧诱导因子信号通路中的关键基因,调节下游与缺氧应激相关基因的表达,可能与水生适应有关。 |
| 收录类别 | CSCD
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| 语种 | 中文
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| 引用统计 |
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| 文献类型 | 期刊论文
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| 条目标识符 | http://ir.kiz.ac.cn/handle/152453/13921
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| 专题 | 科研部门_兽类生态与进化（蒋学龙）
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推荐引用方式
GB/T 7714 |
周婧晶,丘银彬,万韬,等. 鼩鼱科三物种转录组初步分析[J]. 兽类学报,2021,41(2):173-181.
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| APA |
周婧晶.,丘银彬.,万韬.,何水旺.,蒋学龙.,...&何锴.(2021).鼩鼱科三物种转录组初步分析.兽类学报,41(2),173-181.
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| MLA |
周婧晶,et al."鼩鼱科三物种转录组初步分析".兽类学报 41.2(2021):173-181.
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