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生物分子水溶液的Monte Carlo模拟 Ⅲ: 力偏倚抽样法和Metropolis抽样法的比较
石秀凡1; 倪向善2; 凌伦奖2
1989
发表期刊生物物理学报
ISSN1000-6737
卷号5期号:3页码:246-251
合作性质其它
摘要本文采用先前所用的一个中性丙氨酸分子加56个水分子的体系,对力偏倚(FB)抽样法和Metropolis抽样法进行了比较.发现用FB法,由体系的晶体点阵构型出发到达平衡态所需的循环数为Metropolis法的五分之二.为了得到较好的结构信息所需的构型数也仅为后者的五分之二.虽然每个循环所需机时为Metropolis法的1.6倍,仍是一加速收敛的好方法.本文进一步支持了以分子的平移扩散作为判别抽样效率的判据,指出接受几率在0.33——0.36之间的步长可能是合适的.此外还统计了和丙氨酸作用大于2keal/mol的分子的坚标,使它们与丙氨酸—水分子径向分布图的峰值相对应.
关键词抽样法 平移扩散 生物分子 抽样效率 平衡态
资助者家自然科学基金资助项目 ; 家自然科学基金资助项目
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收录类别其他
语种中文
资助者家自然科学基金资助项目 ; 家自然科学基金资助项目
文献类型期刊论文
条目标识符http://ir.kiz.ac.cn/handle/152453/2933
专题其他
作者单位1.中国科学院昆明动物研究所
2.中国科学院生物物理研究所
推荐引用方式
GB/T 7714
石秀凡,倪向善,凌伦奖. 生物分子水溶液的Monte Carlo模拟 Ⅲ: 力偏倚抽样法和Metropolis抽样法的比较[J]. 生物物理学报,1989,5(3):246-251.
APA 石秀凡,倪向善,&凌伦奖.(1989).生物分子水溶液的Monte Carlo模拟 Ⅲ: 力偏倚抽样法和Metropolis抽样法的比较.生物物理学报,5(3),246-251.
MLA 石秀凡,et al."生物分子水溶液的Monte Carlo模拟 Ⅲ: 力偏倚抽样法和Metropolis抽样法的比较".生物物理学报 5.3(1989):246-251.
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