大熊猫 9 个BAC 的测序、注释和进化分析

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	大熊猫 9 个BAC 的测序、注释和进化分析
	郑杨 1,2,3; 蔡晶 4; 李建文 3,6; 李波 3; 林润茂 3; 田凤 3; 王晓玲 3; 王俊*3,5; wangj@genomics.org.cn
	2009
发表期刊	中国科学C 辑:生命科学
卷号	39 期号:10 页码:933 ~ 939
摘要	本文构建了相当于大熊猫10 倍基因组覆盖度的BAC文库, 并随机挑选了其中9 个BAC进行测序和组装, 9 个BAC 的选择满足更多基因更少重复序列的原则. 这9 个BAC 的组装将为评估基于新一代Illumina GA 测序技术的大熊猫全基因组测序及组装的准确性提供有效资源. 运用同源比对和从头预测的方法, 对9 个BAC, 共约878 kb 的序列进行了基因和重复序列的注释以及进化分析. 一共预测到12 个蛋白编码基因, 其中, 7 个基因匹配到同源基因的功能注释. 这7个基因平均大小约41 kb, 编码区平均大小约1.2 kb, 每个基因平均约含6 个显子. 同时预测到7 个tRNA 基因. 大约27%的序列被注释为重复序列. 同时, 基于邻接法, 构建了包含人、小鼠、狗、猫以及大熊猫5 个物种的物种进化树, 结果显示狗的基因与其他4 个物种相比距大熊猫最近.本实验结果提供了大熊猫9 个BAC 的详细序列及注释信息, 为对大熊猫的研究提供了数据资源.
关键词	大熊猫 Bac 文库 Sanger 测序组装注释进化
收录类别	其他
语种	中文
文献类型	期刊论文
条目标识符	http://ir.kiz.ac.cn/handle/152453/7183
专题	基因起源组遗传资源与进化国家重点实验室
通讯作者	wangj@genomics.org.cn
作者单位	1.中国科学院北京基因组研究所, 北京 100029 2.中国科学院研究生院, 北京 100049 3.深圳华大基因研究院, 深圳 518083 4.中国科学院昆明动物研究所, 中德马普进化基因组学小组, 遗传资源与进化国家重点实验室, 昆明 650223 5.Department of Biology, University of Copenhagen, Copenhagen DK-2200, Denmark 6.华南理工大学生物科学与工程学院, 广州 510006
推荐引用方式 GB/T 7714	郑杨,蔡晶,李建文,等. 大熊猫 9 个BAC 的测序、注释和进化分析[J]. 中国科学C 辑:生命科学,2009,39(10):933 ~ 939.
APA	郑杨.,蔡晶.,李建文.,李波.,林润茂.,...&wangj@genomics.org.cn.(2009).大熊猫 9 个BAC 的测序、注释和进化分析.中国科学C 辑:生命科学,39(10),933 ~ 939.
MLA	郑杨,et al."大熊猫 9 个BAC 的测序、注释和进化分析".中国科学C 辑:生命科学 39.10(2009):933 ~ 939.

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文件名称/大小	文献类型	版本类型	开放类型	使用许可
2013022807.pdf（249KB）	期刊论文	出版稿	开放获取	CC BY-NC-SA	请求全文