| 基于18S rDNA的metabarcoading 技术分析土壤小型动物多样性3 种方法的比较 | |
| 杨晨雪1; 季吟秋1; 王晓阳1; 杨春燕1; Yu DW*1,2; dougwyu@gmail.com | |
| 2012 | |
| 发表期刊 | 中国科学: 生命科学
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| 卷号 | 42期号:12页码:993-1001 |
| 合作性质 | 其它 |
| 摘要 | 生态和环境管理方面的很多基本问题都需要涉及土壤及腐殖质小型动物多样性的特征描述.当前利用高通量测序技术获得条形码基因扩增子序列的方法(’metabarcoding’)在生物多样性调查方面提供了高效有力的方法.然而,这一技术的广泛应用面临很大阻碍,即需要从大量原始序列数据中通过生物信息学方法处理获得很多候选基因.于是,我们比较了3个针对从固体基质中获得的18S rDNA metabarcode数据的信息学处理方法:(ⅰ)USEARCH/CROP,(ⅱ)Denoiser/UCLUST以及(ⅲ)OCTUPUS.令人满意的是,这3个信息学处理方法得到了相似且与环境样本中已知特征分类单元高度相关的群落组成.然而,OCTUPUS由于过高的序列噪音出现了过度估计系统发育多样性的问题.因此,推荐USEARCH/CROP或Denoiser/UCLUST方法,二者均可在QIIME环境下运行. |
| 关键词 | 罗氏454 测序系统 Dna 条形码 高通量测序 土壤动物 Metabarcoding 18s Rdna |
| 资助者 | 云南省高端科技人才引进计划(批准号:20080A001);国家自然科学基金面上项目(批准号:31170498);中国科学院知识创新工程领域前沿项目(批准号:KSCX2-YX-Z-1027)资助. ; 云南省高端科技人才引进计划(批准号:20080A001);国家自然科学基金面上项目(批准号:31170498);中国科学院知识创新工程领域前沿项目(批准号:KSCX2-YX-Z-1027)资助. ; 云南省高端科技人才引进计划(批准号:20080A001);国家自然科学基金面上项目(批准号:31170498);中国科学院知识创新工程领域前沿项目(批准号:KSCX2-YX-Z-1027)资助. ; 云南省高端科技人才引进计划(批准号:20080A001);国家自然科学基金面上项目(批准号:31170498);中国科学院知识创新工程领域前沿项目(批准号:KSCX2-YX-Z-1027)资助. ; 云南省高端科技人才引进计划(批准号:20080A001);国家自然科学基金面上项目(批准号:31170498);中国科学院知识创新工程领域前沿项目(批准号:KSCX2-YX-Z-1027)资助. ; 云南省高端科技人才引进计划(批准号:20080A001);国家自然科学基金面上项目(批准号:31170498);中国科学院知识创新工程领域前沿项目(批准号:KSCX2-YX-Z-1027)资助. ; 云南省高端科技人才引进计划(批准号:20080A001);国家自然科学基金面上项目(批准号:31170498);中国科学院知识创新工程领域前沿项目(批准号:KSCX2-YX-Z-1027)资助. ; 云南省高端科技人才引进计划(批准号:20080A001);国家自然科学基金面上项目(批准号:31170498);中国科学院知识创新工程领域前沿项目(批准号:KSCX2-YX-Z-1027)资助. ; 云南省高端科技人才引进计划(批准号:20080A001);国家自然科学基金面上项目(批准号:31170498);中国科学院知识创新工程领域前沿项目(批准号:KSCX2-YX-Z-1027)资助. ; 云南省高端科技人才引进计划(批准号:20080A001);国家自然科学基金面上项目(批准号:31170498);中国科学院知识创新工程领域前沿项目(批准号:KSCX2-YX-Z-1027)资助. ; 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| 收录类别 | 其他 |
| 语种 | 中文 |
| 资助者 | 云南省高端科技人才引进计划(批准号:20080A001);国家自然科学基金面上项目(批准号:31170498);中国科学院知识创新工程领域前沿项目(批准号:KSCX2-YX-Z-1027)资助. ; 云南省高端科技人才引进计划(批准号:20080A001);国家自然科学基金面上项目(批准号:31170498);中国科学院知识创新工程领域前沿项目(批准号:KSCX2-YX-Z-1027)资助. ; 云南省高端科技人才引进计划(批准号:20080A001);国家自然科学基金面上项目(批准号:31170498);中国科学院知识创新工程领域前沿项目(批准号:KSCX2-YX-Z-1027)资助. ; 云南省高端科技人才引进计划(批准号:20080A001);国家自然科学基金面上项目(批准号:31170498);中国科学院知识创新工程领域前沿项目(批准号:KSCX2-YX-Z-1027)资助. ; 云南省高端科技人才引进计划(批准号:20080A001);国家自然科学基金面上项目(批准号:31170498);中国科学院知识创新工程领域前沿项目(批准号:KSCX2-YX-Z-1027)资助. ; 云南省高端科技人才引进计划(批准号:20080A001);国家自然科学基金面上项目(批准号:31170498);中国科学院知识创新工程领域前沿项目(批准号:KSCX2-YX-Z-1027)资助. ; 云南省高端科技人才引进计划(批准号:20080A001);国家自然科学基金面上项目(批准号:31170498);中国科学院知识创新工程领域前沿项目(批准号:KSCX2-YX-Z-1027)资助. ; 云南省高端科技人才引进计划(批准号:20080A001);国家自然科学基金面上项目(批准号:31170498);中国科学院知识创新工程领域前沿项目(批准号:KSCX2-YX-Z-1027)资助. ; 云南省高端科技人才引进计划(批准号:20080A001);国家自然科学基金面上项目(批准号:31170498);中国科学院知识创新工程领域前沿项目(批准号:KSCX2-YX-Z-1027)资助. ; 云南省高端科技人才引进计划(批准号:20080A001);国家自然科学基金面上项目(批准号:31170498);中国科学院知识创新工程领域前沿项目(批准号:KSCX2-YX-Z-1027)资助. ; 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| 文献类型 | 期刊论文 |
| 条目标识符 | http://ir.kiz.ac.cn/handle/152453/7216 |
| 专题 | 科研部门_生态学与环境保护中心（俞维理） 遗传资源与进化国家重点实验室 |
| 通讯作者 | dougwyu@gmail.com |
| 作者单位 | 1.中国科学院昆明动物研究所, 遗传资源与进化国家重点实验室, 生态学与环境保护中心, 云南 650223 2.School of Biological Sciences, University of East Anglia, Norwich Research Park, Norwich, Norfolk NR47TJ, UK |
| 第一作者单位 | 昆明动物研究所 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 杨晨雪,季吟秋,王晓阳,等. 基于18S rDNA的metabarcoading 技术分析土壤小型动物多样性3 种方法的比较[J]. 中国科学: 生命科学,2012,42(12):993-1001. |
| APA | 杨晨雪,季吟秋,王晓阳,杨春燕,Yu DW*,&dougwyu@gmail.com.(2012).基于18S rDNA的metabarcoading 技术分析土壤小型动物多样性3 种方法的比较.中国科学: 生命科学,42(12),993-1001. |
| MLA | 杨晨雪,et al."基于18S rDNA的metabarcoading 技术分析土壤小型动物多样性3 种方法的比较".中国科学: 生命科学 42.12(2012):993-1001. |
| 条目包含的文件 | ||||||
| 文件名称/大小 | 文献类型 | 版本类型 | 开放类型 | 使用许可 | ||
| 2013030125.pdf（943KB） | 期刊论文 | 出版稿 | 开放获取 | CC BY-NC-SA | 请求全文 | |
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