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KIZ OpenIR  > 中国科学院昆明灵长类研究中心
Illumina MiSeq高通量测序分析核桃内生细菌多样性
其他题名Diversity of endophytic bacteria in walnut analyzed by Illumina MiSeq high鄄throughput sequencing technology
陈泽斌1,2; 李冰*3; 任禛1; 靳松1; 张永福1; 彭声静1; 王定康4; 余磊1; 徐胜光1; libing@mail.kiz.ac.cn
2015
发表期刊江苏农业学报
卷号31期号:5页码:1129-1133
合作性质其它
摘要应用Illumina Mi Seq高通量测序技术测定核桃内生细菌的16S r DNA-V4变异区序列,使用Uparse等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析内生细菌的丰度和α-多样性。获得了用于分析的有效序列63 183条,OTU数为103。稀释曲线表明测序深度充分,OTU数量接近于饱和。核桃样品的Chao1指数为105.143,Shannon多样性指数为1.823。核桃内生细菌主要分布于鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,27.27%)、盐单胞菌属(Halomonas,27.27%)、土壤杆菌属(Agrobacterium,45.45%),这3个属是核桃内生细菌优势菌属。
关键词Illumina Miseq 高通量测序 核桃 内生细菌 多样性
资助者国家自然科学基金项目(41361056);云南省教育厅科学 研究项目(2014Y390);云南省都市型休闲农业工程技术 研究中心项目(XXNY1402);昆明学院大学生科学研究项 目(XJD15054);云南省高校优势特色重点学科(生态学) 建设项目 ; 国家自然科学基金项目(41361056);云南省教育厅科学 研究项目(2014Y390);云南省都市型休闲农业工程技术 研究中心项目(XXNY1402);昆明学院大学生科学研究项 目(XJD15054);云南省高校优势特色重点学科(生态学) 建设项目 ; 国家自然科学基金项目(41361056);云南省教育厅科学 研究项目(2014Y390);云南省都市型休闲农业工程技术 研究中心项目(XXNY1402);昆明学院大学生科学研究项 目(XJD15054);云南省高校优势特色重点学科(生态学) 建设项目 ; 国家自然科学基金项目(41361056);云南省教育厅科学 研究项目(2014Y390);云南省都市型休闲农业工程技术 研究中心项目(XXNY1402);昆明学院大学生科学研究项 目(XJD15054);云南省高校优势特色重点学科(生态学) 建设项目 ; 国家自然科学基金项目(41361056);云南省教育厅科学 研究项目(2014Y390);云南省都市型休闲农业工程技术 研究中心项目(XXNY1402);昆明学院大学生科学研究项 目(XJD15054);云南省高校优势特色重点学科(生态学) 建设项目 ; 国家自然科学基金项目(41361056);云南省教育厅科学 研究项目(2014Y390);云南省都市型休闲农业工程技术 研究中心项目(XXNY1402);昆明学院大学生科学研究项 目(XJD15054);云南省高校优势特色重点学科(生态学) 建设项目 ; 国家自然科学基金项目(41361056);云南省教育厅科学 研究项目(2014Y390);云南省都市型休闲农业工程技术 研究中心项目(XXNY1402);昆明学院大学生科学研究项 目(XJD15054);云南省高校优势特色重点学科(生态学) 建设项目 ; 国家自然科学基金项目(41361056);云南省教育厅科学 研究项目(2014Y390);云南省都市型休闲农业工程技术 研究中心项目(XXNY1402);昆明学院大学生科学研究项 目(XJD15054);云南省高校优势特色重点学科(生态学) 建设项目 ; 国家自然科学基金项目(41361056);云南省教育厅科学 研究项目(2014Y390);云南省都市型休闲农业工程技术 研究中心项目(XXNY1402);昆明学院大学生科学研究项 目(XJD15054);云南省高校优势特色重点学科(生态学) 建设项目 ; 国家自然科学基金项目(41361056);云南省教育厅科学 研究项目(2014Y390);云南省都市型休闲农业工程技术 研究中心项目(XXNY1402);昆明学院大学生科学研究项 目(XJD15054);云南省高校优势特色重点学科(生态学) 建设项目 ; 国家自然科学基金项目(41361056);云南省教育厅科学 研究项目(2014Y390);云南省都市型休闲农业工程技术 研究中心项目(XXNY1402);昆明学院大学生科学研究项 目(XJD15054);云南省高校优势特色重点学科(生态学) 建设项目 ; 国家自然科学基金项目(41361056);云南省教育厅科学 研究项目(2014Y390);云南省都市型休闲农业工程技术 研究中心项目(XXNY1402);昆明学院大学生科学研究项 目(XJD15054);云南省高校优势特色重点学科(生态学) 建设项目 ; 国家自然科学基金项目(41361056);云南省教育厅科学 研究项目(2014Y390);云南省都市型休闲农业工程技术 研究中心项目(XXNY1402);昆明学院大学生科学研究项 目(XJD15054);云南省高校优势特色重点学科(生态学) 建设项目 ; 国家自然科学基金项目(41361056);云南省教育厅科学 研究项目(2014Y390);云南省都市型休闲农业工程技术 研究中心项目(XXNY1402);昆明学院大学生科学研究项 目(XJD15054);云南省高校优势特色重点学科(生态学) 建设项目 ; 国家自然科学基金项目(41361056);云南省教育厅科学 研究项目(2014Y390);云南省都市型休闲农业工程技术 研究中心项目(XXNY1402);昆明学院大学生科学研究项 目(XJD15054);云南省高校优势特色重点学科(生态学) 建设项目 ; 国家自然科学基金项目(41361056);云南省教育厅科学 研究项目(2014Y390);云南省都市型休闲农业工程技术 研究中心项目(XXNY1402);昆明学院大学生科学研究项 目(XJD15054);云南省高校优势特色重点学科(生态学) 建设项目 ; 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文献类型期刊论文
条目标识符http://ir.kiz.ac.cn/handle/152453/9486
专题中国科学院昆明灵长类研究中心
通讯作者libing@mail.kiz.ac.cn
作者单位1.昆明学院农学院,云南昆明 650214
2.云南省都市特色农业工程技术研究中心,云南 昆明 650214
3.中国科学院昆明动物研究所,云南 昆明650223
4.昆明学院生命科学与技术系,云南 昆明650214
推荐引用方式
GB/T 7714		 陈泽斌,李冰*,任禛,等. Illumina MiSeq高通量测序分析核桃内生细菌多样性[J]. 江苏农业学报,2015,31(5):1129-1133.
APA 陈泽斌.,李冰*.,任禛.,靳松.,张永福.,...&libing@mail.kiz.ac.cn.(2015).Illumina MiSeq高通量测序分析核桃内生细菌多样性.江苏农业学报,31(5),1129-1133.
MLA 陈泽斌,et al."Illumina MiSeq高通量测序分析核桃内生细菌多样性".江苏农业学报 31.5(2015):1129-1133.
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