中国科学院昆明动物研究所机构知识库

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	白芨内生细菌组成及多样性分析
	陈泽斌1,2; 李冰3; 余磊1; 张永福1; 任禛1; 靳松1; 王定康4; 徐胜光*1; 刘佳妮1; sgxu@soil.gd.cn
	2016
发表期刊	南方农业学报
卷号	47期号:2页码:227-233
摘要	【目的】调查白芨内生细菌种类及多样性,为更好地保护和开发利用白芨资源提供科学依据。【方法】应用Illumina Mi Seq高通量测序技术测定白芨内生细菌的16S r DNA-V4变异区序列,应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种丰度及分布的差异。【结果】获得用于分析的有效序列和OTU数为49550/48;稀释曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。白芨内生细菌主要分布于鞘脂单胞菌属(Sphingomonas,32.26%)、地杆菌属(Pedobacter,16.13%)、盐单胞菌属(Halomonas,16.13%)、土壤杆菌属(Agrobacterium,12.90%)、Kaistobacter属(6.45%)、希瓦氏菌属(Shewanella,6.45%)、假单胞菌属(Pseudomonas,6.45%)和短波单胞菌属(Brevundimonas,3.23%)8个属。【结论】鞘脂单胞菌属、地杆菌属、盐单胞菌属和土壤杆菌属是白芨内生细菌的优势种群。Illumina Mi Seq高通量测序技术能准确反映植物内生微生物的种类组成和真实比例,在植物内生微生物研究中具有明显的优势和可行性。; 【Objective】The species and diversity of endophytic bacteria of Bletilla striata were studied, in order to provide references for better protection and management of B. striata. 【Method】The 16 S r DNA-V4 variable region of B.striata was sequenced by Illumina Mi Seq high-throughput sequencing technology. And using Qiime and Mothur softwares,the number of sequences and operational taxonomic units（OTUs） for each sample was sorted and calculated, so as to analyze abundance and distribution of species. 【Result】The results showed that, the numbers of effective sequences and OTUs for each sample were 49550 and 48, respectively. And the rarefaction curves showed that sequencing depth was adequate,and The number of OTUs was close to saturation. The endophytic bacteria of B. striata belonged to 8 genera viz., Sphingomonas（32.26%）, Pedobacter（16.13%）, Halomonas（16.13%）, Agrobacterium（12.90%）, Kaistobacter（6.45%）, Shewanella（6.45%）, Pseudomonas（6.45%）, Brevundimonas（3.23%）. 【Conclusion】The dominant endophytic bacteria species in B. striata belongs to Sphingomonas, Pedobacter, Halomonas and Agrobacterium. Furthermore, Illumina Mi Seq high-throughput sequencing technology can reflect accurately species composition and proportion, so it has obvious advantages and feasibility in the study of plant endophytic bacteria.
关键词	多样性分析 白芨 内生细菌
资助者	国家自然科学基金项目(31460491)；云南省教育厅科学研究项目(2014Y390)；昆明学院人才引进项目(YJL14005)；云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311) ; 国家自然科学基金项目(31460491)；云南省教育厅科学研究项目(2014Y390)；昆明学院人才引进项目(YJL14005)；云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311) ; 国家自然科学基金项目(31460491)；云南省教育厅科学研究项目(2014Y390)；昆明学院人才引进项目(YJL14005)；云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311) ; 国家自然科学基金项目(31460491)；云南省教育厅科学研究项目(2014Y390)；昆明学院人才引进项目(YJL14005)；云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311) ; 国家自然科学基金项目(31460491)；云南省教育厅科学研究项目(2014Y390)；昆明学院人才引进项目(YJL14005)；云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311) ; 国家自然科学基金项目(31460491)；云南省教育厅科学研究项目(2014Y390)；昆明学院人才引进项目(YJL14005)；云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311) ; 国家自然科学基金项目(31460491)；云南省教育厅科学研究项目(2014Y390)；昆明学院人才引进项目(YJL14005)；云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311) ; 国家自然科学基金项目(31460491)；云南省教育厅科学研究项目(2014Y390)；昆明学院人才引进项目(YJL14005)；云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311) ; 国家自然科学基金项目(31460491)；云南省教育厅科学研究项目(2014Y390)；昆明学院人才引进项目(YJL14005)；云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311) ; 国家自然科学基金项目(31460491)；云南省教育厅科学研究项目(2014Y390)；昆明学院人才引进项目(YJL14005)；云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311) ; 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收录类别	其他
语种	中文
资助者	国家自然科学基金项目(31460491)；云南省教育厅科学研究项目(2014Y390)；昆明学院人才引进项目(YJL14005)；云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311) ; 国家自然科学基金项目(31460491)；云南省教育厅科学研究项目(2014Y390)；昆明学院人才引进项目(YJL14005)；云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311) ; 国家自然科学基金项目(31460491)；云南省教育厅科学研究项目(2014Y390)；昆明学院人才引进项目(YJL14005)；云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311) ; 国家自然科学基金项目(31460491)；云南省教育厅科学研究项目(2014Y390)；昆明学院人才引进项目(YJL14005)；云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311) ; 国家自然科学基金项目(31460491)；云南省教育厅科学研究项目(2014Y390)；昆明学院人才引进项目(YJL14005)；云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311) ; 国家自然科学基金项目(31460491)；云南省教育厅科学研究项目(2014Y390)；昆明学院人才引进项目(YJL14005)；云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311) ; 国家自然科学基金项目(31460491)；云南省教育厅科学研究项目(2014Y390)；昆明学院人才引进项目(YJL14005)；云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311) ; 国家自然科学基金项目(31460491)；云南省教育厅科学研究项目(2014Y390)；昆明学院人才引进项目(YJL14005)；云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311) ; 国家自然科学基金项目(31460491)；云南省教育厅科学研究项目(2014Y390)；昆明学院人才引进项目(YJL14005)；云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311) ; 国家自然科学基金项目(31460491)；云南省教育厅科学研究项目(2014Y390)；昆明学院人才引进项目(YJL14005)；云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311) ; 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文献类型	期刊论文
条目标识符	http://ir.kiz.ac.cn/handle/152453/9631
专题	中国科学院昆明灵长类研究中心
通讯作者	sgxu@soil.gd.cn
作者单位	1.昆明学院农学院;昆明650214 2.云南省都市特色农业工程技术研究中心；昆明650214 3.中国科学院昆明动物研究所, 云南 昆明 650223 4.昆明学院生命科学与技术系;昆明650214
推荐引用方式 GB/T 7714	陈泽斌,李冰,余磊,等. 白芨内生细菌组成及多样性分析[J]. 南方农业学报,2016,47(2):227-233.
APA	陈泽斌.,李冰.,余磊.,张永福.,任禛.,...&sgxu@soil.gd.cn.(2016).白芨内生细菌组成及多样性分析.南方农业学报,47(2),227-233.
MLA	陈泽斌,et al."白芨内生细菌组成及多样性分析".南方农业学报 47.2(2016):227-233.

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文件名称/大小	文献类型	版本类型	开放类型	使用许可
2016032913.pdf（1135KB）	期刊论文	出版稿	开放获取	CC BY-NC-SA	请求全文

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