Discovery Studio 2.0的模块扩展及应用:残基水平非键相互作用能量的自动批量计算

KIZ OpenIR > 结构生物信息学

	Discovery Studio 2.0的模块扩展及应用:残基水平非键相互作用能量的自动批量计算
其他题名	An extension strategy of Discovery Studio 2.0 for non-bonded interaction energy automatic calculation at the residue level
	高跃东 1,2; 黄京飞*1,3; huangjf@mail.kiz.ac.cn
	2011
发表期刊	动物学研究
卷号	32 期号:3 页码:262-266
合作性质	其它
摘要	非键相互作用对于生物体系中的分子识别和结合过程起着关键作用。然而,传统的方法并不能在残基水平自动批量计算非键相互作用。近年来,已经发展了一些方法和工具进行非键相互作用的计算分析。该文研究发展了一种可以自动计算残基间非键相互作用的方法,即用Perl脚本调用Discovery Studio 2.0(DS 2.0,Accelrys Inc.)底层模块中的非键相互作用协议,实现了直接利用命令行批量计算非键相互作用能量,而无需通过DS2.0的图形界面。该方法扩展了DS2.0的计算模块,并于近期运用到了复合结构的研究分析中。
其他摘要	Non-bonded interaction forces play crucial roles in molecular recognition and binding in biological systems. However, it is difficult for traditional methods to automatically calculate and batch the non-bonded energy at the residue level. In recent years, many studies have focused on non-bonded interactions and developed tools to calculate and analyze such interactions. In this study, we present a highly automated approach for the calculation of non-bonded energy. Our strategy invoked protocols relevant to non-bonded interactions within Discovery Studio 2.0 (DS2.0, Accelrys Inc.) bottom module using Perl script, and determined the direct command line operation of calculating non-bonded interaction energy batches without accessing the graphical interface of DS. This approach extended the DS2.0 module and was applied to a recent study of complex structure analysis.
关键词	非键相互作用模块扩展 Discovery Studio 2.0
资助者	国家重点基础研究发展计划项目“973”(2009CB941302);国家自然科学基金项目(30470939、30623007);中国科学院基金项目(2007211311091). ; 国家重点基础研究发展计划项目“973”(2009CB941302);国家自然科学基金项目(30470939、30623007);中国科学院基金项目(2007211311091). ; 国家重点基础研究发展计划项目“973”(2009CB941302);国家自然科学基金项目(30470939、30623007);中国科学院基金项目(2007211311091). ; 国家重点基础研究发展计划项目“973”(2009CB941302);国家自然科学基金项目(30470939、30623007);中国科学院基金项目(2007211311091).
收录类别	其他
语种	中文
资助者	国家重点基础研究发展计划项目“973”(2009CB941302);国家自然科学基金项目(30470939、30623007);中国科学院基金项目(2007211311091). ; 国家重点基础研究发展计划项目“973”(2009CB941302);国家自然科学基金项目(30470939、30623007);中国科学院基金项目(2007211311091). ; 国家重点基础研究发展计划项目“973”(2009CB941302);国家自然科学基金项目(30470939、30623007);中国科学院基金项目(2007211311091). ; 国家重点基础研究发展计划项目“973”(2009CB941302);国家自然科学基金项目(30470939、30623007);中国科学院基金项目(2007211311091).
文献类型	期刊论文
条目标识符	http://ir.kiz.ac.cn/handle/353002/6720
专题	结构生物信息学遗传资源与进化国家重点实验室管理、支撑部门_大型仪器中心
通讯作者	huangjf@mail.kiz.ac.cn
作者单位	1.中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室, 云南昆明 650223 2.中国科学院研究生院, 北京100049 3.中国科学院昆明动物研究所－香港中文大学生物资源与疾病分子机理联合实验室, 云南昆明 650223
推荐引用方式 GB/T 7714	高跃东,黄京飞*,huangjf@mail.kiz.ac.cn. Discovery Studio 2.0的模块扩展及应用:残基水平非键相互作用能量的自动批量计算[J]. 动物学研究,2011,32(3):262-266.
APA	高跃东,黄京飞*,&huangjf@mail.kiz.ac.cn.(2011).Discovery Studio 2.0的模块扩展及应用:残基水平非键相互作用能量的自动批量计算.动物学研究,32(3),262-266.
MLA	高跃东,et al."Discovery Studio 2.0的模块扩展及应用:残基水平非键相互作用能量的自动批量计算".动物学研究 32.3(2011):262-266.

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文件名称/大小	文献类型	版本类型	开放类型	使用许可
2011082610.pdf（1482KB）	期刊论文	出版稿	开放获取	CC BY-NC-SA	请求全文